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紙にこだわらなければスマートフォンやタブレットでの電子出版が今は比較的簡単に可能です。漫画などの絶対的な需要のあるものは別として、アプリを導入する必要があるのでなるべく一般的な方法で作成するプラットフォームを選びたいものです。
世の中のスマートフォンはi-phoneかandroidの2強です。viewerはi-phoneにはiBooks、アンドロイド(とアプリを導入してのi-phone)にはKindleがあります。
epub形式は結局HTMLと同じように思いますが、Webでは簡単に画像データを抜き取ることができます。電子的な著作権について、電子書籍は保護されているのはいいところです。
iBooksとkindleで両方同時にデータを作成することも可能ですが、電子書籍としてのインタラクティブな機能が使えなくなることになります。元になるデータがある場合、iBooks authorでePub版を作成し、Kindle版のmobiファイルに焼き直すことができそうです。
ただKindleの仕様ではjavascriptやフレーム、フォームが使えません。下記のような仕様のため例えばHTMLからJavaScriptを呼び出すようにしても全く動作しません。
6.1の章に「Kindle Format 8 は、一部の機能 (フォーム、フレームおよび JavaScript) 以外は、HTML 5.0 のほとんどの機能 をサポートしています。」 Amazon Kindleパブリッシング・ガイドライン Kindle プラットフォーム用の本を作成するには（バージョン 2017.3）より引用
結論として、インタラクティブなコンテンツにしないのであれば、KindleとiBooksどちらのプラットフォームでも良さそうです。ちょっと動きで説明したいというようなことがある場合は、iBooksを選択するというのもありということになります。